2005年连战党主席到任之前，马英九率先表态要竞逐党主席，提前引爆马王对决的战争，选举过程中，马英九阵营多次直指王金平是“黑金”，王金平也在选前质疑马英九在319枪击案抗争中，没有和国民党站在一起。选举结果，马英九以72.4%的得票率，大胜王金平，确定马上王下的格局。

在国民党的政治格局中，王金平坐镇立法院，而立法院是国民党及泛蓝主力所在；王金平在立院的阅历及人脉非马英九所能轻易取代或染指。王金平阵营是在地方本土派系的实力。马英九的阵营大多并非具有亲身的人际关系，比较远离权及钱的中心且较不具组织性，所恃为一般所称的“人气”。

马英九表示，他仍盼望尽快与王金平见面，让国民党整合成一组候选人，王金平目前仍是他唯一力邀争取的搭档人选，连战也要马王两人“坦诚相见、把话讲开，尽快会面”。王金平表示，曾提醒国民党副主席别急着提名马英九为2008参选人。马英九获提名后盼王金平点头答应担任竞选伙伴，不过王以党内和谐团结更重要为由，不愿表明是否愿担任竞选伙伴。

王金平曾在3月表态自己要参选“总统”，自己比起马英九，不论是经营地方还是从政资历都比较长，要优于马英九。

马英九当选“总统”后，将改善两岸关系视为第一要务，开放两岸定期直航、签订ECFA，但在“立法院”审查ECFA时，马英九坚持应该要比照条约案包裹表决，但在绿营强烈抗争下，王金平最后仍采逐条审查、包裹表决的折冲方式，让ECFA过关。

2010年审查“地方制度法”时，国民党在当时政策会执行长林益世带领下，与民进党发生严重肢体冲突，让“地方制度法”完成三读。当时马英九还在国民党中常会振臂高呼，如果没办法改变多数党无法主导“立法院”议事运作的现象，就不配叫执政党。

2012年马英九连任后，包括油电双涨、“证所税”的政策王金平都在5人小组中表达不同意见，最后电价是依照了王金平的建议，改采3阶段调涨，第2阶段延缓1年，到今年10月才实施。

在美牛案中，民进党连续多天占据议场，导致院会一事无成，最后是CODEX正好更改瘦肉精的规范，美牛案才终于过关。

近来，无论是核四、《服贸协议》等重大议案，“立法院”都因无法排除民进党的杯葛而毫无进展，间接导致政府政策与政务难以推行。王金平不肯动用“警察权”，就是马王之间永远打不开的“死结”。