蓝藻可以在短时间内迅速繁殖，在河流、湖泊或者海洋水面形成可见的水华，造成河流、湖泊或者海洋的水中缺氧。水里严重缺氧会使大量鱼类和其他水生物死亡，影响了湖泊的正常生态功能和生物多样性，周边的渔民也因此蒙受巨大的经济损失。

某些藻类本身含有的藻毒素会危及我们的饮水安全。 2007年，太湖大规模爆发蓝藻，无锡市自来水供应受到严重影响，一时间无锡超市的纯净水被抢购一空。当时，太湖的氮、磷化学成分过半来自化学农业污染；此外，云南滇池的营养污染物，过半也是来自化肥。

蓝菌的微囊藻毒素有非常强的毒性，可能会严重损害肝脏，引致肝癌。1996至1999年，美国俄勒冈健康部门曾对市面上87种蓝菌及螺旋藻保健食品进行测试，发现竟有85种保健食品均含有微囊藻毒素。