抗大副校长罗瑞卿素来器重黄克功,他是看着他从苏区打到陕北的,于是还去拘押黄克功的地方看视他。但罗副校长深知军法如山,共产党不能因私情而放弃原则,在研究处理黄克功的会议上,他亟言"任何人都要服从法律,什么功劳、地位、才干都不能阻挡依法制裁"。根据学校组织的意见和群众的反映,罗瑞卿向中央和毛主席作了报告。后在审讯中,黄克功承认了刘茜的死不是因为走火而是他一枪未能杀死刘遂又加一枪,这就是蓄意杀人了,延安检察机关于是侦察起诉,认为他枪杀自己的革命同志,破坏革命纪律和团结,在客观上是"汉奸行为"。黄不服这样的结论,辩称:"我并非洋汉奸卖国贼,只要我一息尚存,还恨日本帝国主义。我是一个党员,还愿牺牲自己为革命奋斗。我杀她是因为她公开和不公开地破坏我的名誉。"意思是他是为了维护军人的名誉和尊严才杀人的,也是正义的。法庭驳回了他的辩护,黄于是又向毛泽东上书,请求裁决。
10月10日,毛泽东就黄克功逼婚未遂开枪杀人致信边区高等法院院长和审判黄案的审判长雷经天,他说:"黄克功过去斗争历史是光荣的,今天处以极刑,我及党中央的同志都是为之惋惜的。但他犯了不容赦免的大罪,以一个共产党员、红军干部而有如此卑鄙的、残忍的、失掉党的立场的、失掉人的立场的行为,如为赦免,便无以教育党,无以教育红军,无以教育革命者,并无以教育做一个普通的人。因此中央与军委便不得不根据他的罪恶行为,根据党与红军的纪律,处他以极刑。正因为黄克功不同于一个普通人,正因为他是一个多年的共产党员,是一个多年的红军,所以不能不这样办。共产党与红军对于自己的党员与红军成员不能不执行比较一般平民更加严格的纪律。当此国家危急革命紧张之时,黄克功卑鄙无耻残忍自私至如此程度,他之处死,是他自己行为决定的。一切共产党员,一切红军指战员,一切革命分子都要以黄克功为前车之戒。"一年后,也即1938年5月,黄克功终于咎由自取被开除出党并被依法处决。刑前,他表示认罪,但吁请法院顾念其在红军十数年的战绩,许其改过自新,他在刑前高喊:"我并不怕死,可是我情愿死在战场上,让我的血流在敌人面前!把这颗结束我生命的子弹用来射击我们民族的敌人吧!"参加公审的人群中顿时发出附和和同情他的声音,有的人还情不自禁流下泪来。但是,纪律和法律是严肃的,法院院长雷经天一字千钧地宣布:"黄克功故意杀人,处以死刑"!
黄克功终于被依法处决。这一消息很快遍传,延安甚至西安、太原等地都广泛反响,人们盛赞共产党和八路军公正无私、执法如山,相比较于日呈腐败的国统区,大家不约而同把中国希望的曙光瞩目于延安那一方土地。正如当时胡耀邦(审判黄克功时的公诉人之一)在抗大校刊《思想战线》上发表的文章所阐明的:"必须使我们全党知道,执行纪律也是教育形式的一种,如果我们开除了一个坏分子,不但不会使我们的队伍减弱,相反的只有使我们的党、我们的队伍更加强健起来!""黄克功案"处理后,刘茜的家属也受到安慰与抚恤,毛泽东还在抗大特意作了一场"革命与恋爱"的讲演,提出了革命青年在恋爱时应遵循的"三原则"--革命的原则、不妨碍工作和学习的原则、自愿的原则。他要求大家从黄克功案中吸取教训,要严肃对待恋爱、婚姻和家庭问题,要培养无产阶级的理想和情操,坚决杜绝类似黄克功案的发生。
多少年过去了,毛泽东刀下不留人的故事,如黄克功案,如刘青山、张子善案,依然口碑不绝。但是,如果我们留心当年"黄克功杀人案" 前后的种种,若加以深思就会有许多耐人寻味的感受,比如作为"老革命"的军人黄克功,功勋在身却心胸如此狭小,心肠又如此歹毒,这是为什么?而在革命圣地的月光下、在革命战争中竟发生这样的惨剧,又是为什么?一场革命如果革命者人性始终得不到提升、文化思想素质始终得不到提高、共产党人的崇高目标下降为一切为了自己的私欲,那么,这场革命的结局将会多么可怕!再比如:黄克功如果杀的不是刘茜而是被罪以"汉奸"或"托派"的人物,如陈独秀、王实味呢?总书记张闻天在处决黄克功后代表中共中央向参加公审的群众有一个演说,今天听上去就另有一种况味了,他说:"各位同志:黄克功的死,在我们党损失了一位英勇的战士,而且是一位过去十年来曾经为共产主义奋斗的好青年。然而,他现在竟犯了一件不可赦免的罪行。他枪杀了他的同志,一位优秀的共产党员,他已经不再是过去的英勇的黄克功同志了。他忘了党的主义,他背弃了群众,他杀害了一位优秀的共产党员,削弱了自己阵营的实力,也就是敌人的帮凶。如果他今天所杀的是敌寇,是汉奸,是托派……当然,我们无判他死刑的理由。但是,现在我们不得不忍痛用一粒子弹结束他的生命。"