由于多种原因，食品的质量、安全问题仍然十分突出，部分食品市场抽检合格率偏低，特别是假冒伪劣食品屡禁不绝，严重危害人民群众的饮食安全。主要表现在以下几方面：
1、食品源头污染的问题。由于我国工农业生产迅速发展和城市人口的加剧，工业三废、城市废弃物的大量排放，农业化肥、农药用量剧增，许多有毒、有害物质，渗入土壤中，使土壤中农药及药物残留严重，饮用水中含菌量高、重金属含量高等屡见不鲜。影响了我国粮食、饲料作物、经济作物、畜产品和水产品的质量，从源头上给食品安全带来极大隐患。
2、食品加工过程中存在的问题。(1)食品加工企业未能按照工艺要求操作。如部分企业为了降低生产成本，采用质次价低的原料进行生产，严重影响了产品的质量。如2004年发生的阜阳劣质奶粉案，主要是部分生产厂家以各种廉价的食品原料如淀粉、蔗糖等全部或部分替代乳粉，再用奶香精等添加剂进行调香、调味制成的，没有按照国家标准添加婴儿生长发育所必需的维生素和矿物质。(2)滥用食品添加剂、非法添加物而引起食品安全问题。根据国家2004年对食品的抽查结果，滥用食品添加剂已经成为导致产品质量不合格的重要因素。如面包加工企业超标使用增筋及面包改良剂，水产品加工企业使用双氧水、敌百虫和大量胭脂红物质等浸泡虾米等等。(3)应用新技术、新工艺、新原料带来的问题。随着科技的进步，食品工业中应用新工艺、新原料给食品安全带来许多新问题，如转基因技术、辐照技术、现代生物技术、益生菌和酶制剂等技术在食品中的应用等，这既是国际上共同关注的食品安全问题，也是我国亟待研究和重视的问题。
3、食品流通环节的问题。目前在食品安全的保障体系中，流通领域是个薄弱的环节，仓储、储运、货柜达不到标准，致使许多出厂合格的产品，在流通环节变成不合格的，甚至成为腐烂变质的食品。同时，由于管理不善，一些假冒伪劣产品进入商店出售。如2004年，在卫生部进行的植物油抽检中，福临门纯正大豆色拉油因酸价指标不符合国家标准，被责令收回，但在以后的产品调查中，福临门公司对工厂留样的同样产品进行了自检，结果合格，说明了卫生部抽检不合格原因可能就发生在销售和贮存环节。
4、违法生产经营存在的问题。由于生产经营者的法律意识谈薄，更有良知缺乏的问题，违法生产经营造成的危害相当严重。如用有毒甲醛发泡海产品，用化学品处理水果保鲜，银耳用有毒的硫磺增白，猪肉在注水的同时加入化学药品，以达到增重和鲜艳的目的使消费者不易识别等等。(新华网) 
